Alternativní důkaz je dokument předkládaný v případě, že tranzitní nebo vývozní procedura není řádně ukončena v příslušném systému (NCTS pro tranzit a AES pro export zboží). Legislativa EU stanoví čtyři typy dokladů, které příslušné orgány země odeslání mohou uznat za alternativní důkaz pro ukončení režimu tranzitu: certifikát, který oficiálně potvrzuje, že zboží bylo předloženo na celním úřadu určení nebo bylo dodáno oprávněnému adresátovi; takový certifikát by měl obsahovat identifikaci zboží. Dokument nebo celní dokument, ověřený celním orgánem členského státu, který potvrzuje, že zboží fyzicky opustilo celní území Unie. Celní dokument vydaný ve třetí zemi při vstupu do celního režimu nebo při použití zboží. Dokument vydaný ve třetí zemi a ověřený tamními celními orgány, který potvrzuje, že výrobky se nacházejí v volném oběhu v příslušné třetí zemi. Pro alternativní ukočení režimu vývoz je nutno zohlednit, že jde o alternativní důkaz pro účely DPH, celní úřad proto může přijmout certifikáty a potvrzení od přepravce, doklady B/L či AWB i doklady potvrzující proclení v zboží v třetí zemi.
